Le prime notizie vaghe sul territorio di Isola delle Femmine, risalgono al periodo punico, quando le navi cartaginesi navigavano per tutto il Mediterraneo, colonizzando le coste e commercializzando. Pare da alcuni ritrovamenti archeologici che anche il territorio di Isola e l'Isolotto, siano stati meta delle navi cartaginesi che ne avrebbero fatto una piccola colonia. Nel 1799, nel territorio di Isola c'era soltanto la chiesetta (realizzata intorno al 1400) e l'edificio della tonnara (risalente al 1176), ma nei primi dell'800 il paese, sorto come tonnara al servizio dei pescatori di Capaci, si sviluppò progressivamente, fino a registrare un insediamento stabile di pescatori nel 1813. Sorsero così cinque strade parallele che corrispondono alle attuali via Mazzini, via Cutino, via Di Maggio, via Roma e via Romeo, e due piazze: Piazza Umberto I e Piazza XXI Aprile. Ai lati di questo primo nucleo urbano, vi erano il Piano Levante e il Piano Ponente, usati per stendervi le reti. Nel 1831 il paese, che allora si chiamava Tonnara, fu riconosciuto come frazione autonoma con a capo un "eletto". Finalmente, grazie all'interessamento del conte di Capaci, in forza al real decreto del 18/06/1854, la borgata di Isola delle Femmine fu staccata da Capaci ed elevata a Comune, a decorrere dal 1 Gennaio 1855.